Этот небольшой код как раз и добавляет прозрачный фон, перекрывающий все содержимое страницы:
$(function(){
var docHeight = $(document).height();
$("body").append("<div id='overlay'></div>");
$("#overlay")
.height(docHeight)
.css({
'opacity' : 0.4,
'position': 'absolute',
'top': 0,
'left': 0,
'background-color': 'black',
'width': '100%',
'z-index': 5000
});
});
При желании css можно вынести в отдельный файл стилей.